Les eaux brutes superficielles et souterraines restent largement contaminées par les pesticides, utilisés principalement pour améliorer les rendements agricoles.
En 2004, sur les 607 points de mesure de la qualité des rivières, la présence de pesticides a été relevée dans 96 % des cas. La qualité de l’eau est jugée « moyenne à mauvaise » dans 49 % des cas, ce qui signifie que la vie des organismes aquatiques et la production d’eau potable sans traitement spécifique sont compromis. Pour les eaux souterraines, dont le renouvellement peut prendre des centaines d’années, des concentrations de pesticides sont relevées dans 61 % des échantillons. Dans 27 % des cas, la qualité est médiocre ou mauvaise.
La France est le troisième consommateur au monde d’insecticides, d’herbicides et de fongicides.